Seit 2008 beteiligt sich die Cäcilienschule am Projekt „Umweltschule in Europa/Internationale Agenda 21-Schule“ der Niedersächsischen Landesschulbehörde, Regionalabteilung Osnabrück.

In enger Kooperation mit dem Regionalen Umweltzentrum (RUZ) Schortens setzt sich die Schule während der zwei bzw. drei Jahre andauernden Projektphasen Ziele in jeweils zwei Handlungsfeldern und dokumentiert deren Umsetzung. 2010, 2012, 2014, 2016, 2019, 2022 und 2024 wurde die Cäcilienschule Wilhelmshaven als „Umweltschule in Europa“ ausgezeichnet. Sie bekam dabei sowohl die nationale als auch die internationale Anerkennung.

Der regelmäßig tagende Umweltausschuss, ein Arbeitskreis von interessierten Eltern, Schülern und Lehrern ist Motor und Treibriemen der ökologischen Schulentwicklung. In den Klassen 5-10 sind die sog. Umweltmanager und -managerinnen wichtige Ansprechpartner. Für sie gibt es ein eigenes Fortbildungs- bzw. Weiterbildungskonzept, das gemeinsam mit dem Regionalen Umweltzentrum umgesetzt wird.